Kematian Muhammad Jefri menimbulkan polemik di kalangan masyarakat. Sebab, saat ditangkap oleh Densus 88, Jefri dalam keadaan sehat dan pulang sudah menjadi mayat. Dalam hal ini, Wasekjen Majelis Ulama Indonesia (MUI), KH. Tengku Zulkarnain pun mempertanyakan sebab kematian Jefri.